Nace el 20 de mayo de 1789 en Marlhes, un pueblo de las montañas del Centro-Este de Francia, en el momento en que estalla la Revolución Francesa. Es el noveno hijo de una familia profundamente cristiana. Su educación es eminentemente familiar. Su madre y una tía suya exclaustrada, despiertan en él una fe sólida y una profunda devoción a María. Su padre, agricultor y comerciante, poseía una instrucción superior a la normal por aquellos pueblos, está abierto a las nuevas ideas y desempeña un papel político importante en su ayuntamiento y en toda la región. Sabe también inculcar en Marcelino la aptitud para los trabajos manuales, el gusto por la acción, el sentido de la responsabilidad y la apertura a las ideas innovadoras.

Cuando Marcelino tiene 14 años, un sacerdote de paso por su casa, le hace descubrir que Dios le llama al sacerdocio. Marcelino, cuya escolaridad había sido muy deficiente, se pone a estudiar con todo ardor "porque Dios lo quiere", mientras sus parientes cercanos, conocedores de sus limitaciones, tratan de disuadirle. Los años difíciles de su estancia en el seminario menor de Verriéres (18051813) son para él una etapa de extraordinario crecimiento humano y espiritual.

En el seminario mayor de Lyon tiene por compañeros, entre otros, a Juan María Vianney, futuro Cura de Ars, y a Juan Claudio Colin, que más tarde será el fundador de los Padres Maristas.